Los colores de la bandera se originaron de los de la bandera del Ejército de las Tres Garantías o «Trigarante», en 1821. Originalmente el significado de los colores fueron los siguientes.Blanco: Religión (la fe a la Iglesia Católica)

Rojo: Unión (entre europeos y americanos)

Verde: Independencia (Independencia de España)

El significado fue cambiado debido a la secularización del país, liderada por el entonces Presidente Benito Juárez. El significado atribuido en esa época fue:

Verde: Esperanza.

Blanco: Unidad.

Rojo: La sangre de los héroes nacionales.